IF=27! Hi-C，发表高分Paper的开挂神器，你需要了解一下

本文探讨了结构变异（SVs）在癌症基因组中的检测与分析，利用高通量染色体构象捕获（Hi-C）、集成光学映射和全基因组测序（WGS）技术，系统地检测了正常或癌症样本中的SVs，以探究其对突变驱动因素的影响。研究首先通过比较WGS、绝虚光学测图和Hi-C数据，评估了不同检测方法的能力。发现Hi-C、集成光学映射和WGS均能够检测到肿瘤基因组中的SVs，例如Caki2细胞中染色体2和3的易位。此外，与正常细胞相比，癌症基因组显示出更多重组事件，表明癌症基因组在结构上更为复杂。作者进一步利用Hi-C数据检测大规模重排，发现正常细胞染色体间相互作用非常罕见，而癌宽如症基因组中则相反，观察到了强烈的染色体间相互作用。这可能是由于染色体融合或重排导致的。通过对数据进行深入分析，作者建立了一种新型算法，能够识别具有高特异性的大规模结构变异，并在27个癌细胞系和9个核型正常细胞系中报告了25次重排。研究还比较了不同方法检测SVs的能力，发现光学映射和WGS在检测遗传物质的增加或损耗时各有优势，但光学映图能识别WGS读取没有被映射的重复区域内的缺失。同时，WGS、Irys和Hi-C可以检测到不同染色体间大规模重排，揭示了癌症基因组结构变化的复杂性。作者进一步探讨了SVs对增强子的影响，发现癌症基因组的缺失可能经常影响增强子，并可能促进肿瘤发生。通过比较T47D乳腺癌细胞与人乳腺上皮细胞（HMECs）的RNA-seq数据，研究发现杂合性缺失和纯合缺失导致基因表达显著降低，并且在其他癌细胞株中也观察到这一点。此外，SVs可以通过破坏远端调控元件影响癌症相关基因的表达，从而影响基因表达。研究还揭示了结构变异对三维基因组组织的影响，发现基因突变并巧燃会破坏拓扑结构域（TADs），导致发育障碍中的基因表达失调。利用Hi-C数据鉴定了20个癌细胞株中的SVs，系统地研究了结构变化对TAD结构的影响，观察到neo-TADs是癌细胞大规模基因组重排的结果。研究还发现，癌症中的结构变异可以重组TAD结构，导致TAD融合和调节环境的改变，进而影响基因表达。综上所述，本文通过高通量染色体构象捕获（Hi-C）、集成光学映射和全基因组测序（WGS）技术，系统地检测了正常或癌症样本中的SVs，并探讨了其对癌症发生的影响。研究发现光学映图和Hi-C能有效检测大而复杂的结构变化，高覆盖的WGS能识别高分辨率SVs。此外，研究揭示了结构基因组变异导致的三维基因组组织改变，表明结构变异在肿瘤发生的基因失调中起着关键作用。